El 16 de agosto de 1863, un grupo de hombres y mujeres bajo el liderazgo de Gregorio Luperón y Santiago Rodríguez hizo una audaz incursión en el cerro de Capotillo, provincia Dajabón e izaron el pabellón dominicano. Esta acción, conocida como el Grito de Capotillo, fue el comienzo de la guerra.
Una ciudad tras otra en el Cibao se unieron a la rebelión, y el 13 de septiembre, un ejército de 6,000 dominicanos se atrincheró en la Fortaleza San Luis, en Santiago.
Los rebeldes establecieron un nuevo gobierno al día siguiente, con José Antonio ¨Pepillo¨ Salcedo como presidente, e inmediatamente calificó a Santana, que ahora era líder de las fuerzas españolas, como traidor.
Salcedo intentó pedir ayuda a los Estados Unidos, pero fue rechazada. El conflicto terminó con la victoria dominicana y la retirada de las fuerzas españolas del país.
Aunque muchas ciudades dominicanas y la agricultura en todo el país fueron destruidas (a excepción del tabaco) durante la guerra, la Guerra de Restauración trajo un nuevo nivel de orgullo nacional a la República Dominicana.
La victoria dominicana también le demostró a los cubanos y puertorriqueños que España podía ser derrotada. Por otro lado, en la política local, el liderazgo durante la guerra se concentró en las manos de pocos caudillos regionales, quienes podían ordenar la lealtad de las regiones. Este sistema de poder político se mantuvo hasta finales del siglo XX.
